Tư Mã Luân giữ chức tướng quốc, nắm quyền lớn trong triều. Ngày 3/2/301, ông theo kế của Tôn Du, ép Tấn Huệ Đế thiện nhượng nhường ngôi, an trí Huệ Đế ra thành Kim Dung, cải niên hiệu là Kiến Thủy, tôn Huệ đế làm Thái Thượng hoàng.

Tề Vương là Tư Mã Quýnh từng giúp Tư Mã Luân trong việc giành ngôi, nhưng chỉ được phong chức nhỏ, nên mang lòng oán hận đối với ông, bèn sai người cầm hịch triệu tập một loạt vương thất tham chiến lật đổ Tư Mã Luân. Quân các chư hầu là Hà Gian Vương (Tư Mã Ngung), Thành Đô Vương (Tư Mã Dĩnh), Thường Sơn Vương (Tư Mã Nghệ), Tân Dã Vương (Tư Mã Hâm) cùng hưởng ứng Tư Mã Quýnh nổi dậy đánh Tư Mã Luân, được hơn 50 vạn người, thanh thế rất lớn. Quân của Tư Mã Luân chỉ có 20 vạn, không chống nổi với quân của Tư Mã Quýnh.

Tháng 4/301, quân các chư hầu đánh về triều. Tư Mã Luân chống không nổi, thua, bị bắt sống. Tấn Huệ Đế được rước về triều. Còn Luân bị tống giam ở thành Kim Dung.

Cùng năm 301, Tư Mã Quýnh sai người đến giết Tư Mã Luân. Tư Mã Luân chỉ ở ngôi được 3 tháng, không có thụy hiệu. Thông thường trong sử sách và danh sách về những vị Hoàng đế nhà Tấn, vị vua này thường chẳng được ghi tên vào danh sách ấy, vì thời đại ông ta cai trị không rõ miếu hiệu và thụy hiệu của ông và thời gian làm vua cũng không dài.

Sau cái chết của Tư Mã Luân, biến loạn chẳng những không bị dập tắt mà còn tiếp tục bùng lên, mở rộng ra trên quy mô lớn, kết cục dẫn đến sự tiêu vong của nhà Tây Tấn.